腸が少し酸性にかたむいたときには、余計な菌の発育が阻止され、体に害のある菌が発育できません。ですから腸内に乳酸菌をたくさん持っている人は長生きで生活習慣病（成人病）の発生が少ないといわれています。善玉菌は酸の合成や免疫機能の刺激の他に、ビタミンやたんぱくの合成などの働きもしています。大腸では主に水分の吸収と糞便の形成、排泄が行なわれます。大腸は長さが約1mから1.5mで、小腸の倍の太さがあります。大腸では、できるだけ水分を吸収して固くしながら、24時間から48時間かけてゆっくり排泄物を肛門の手前まで運んでいきます。
そして、この大腸で大活躍するのが腸内細菌です。内部にはヒダがびっしりと並んでいて、胃から送られてきた食物が胆汁や膵液で分解され、吸収されるのです。栄養素のおよそ90％は小腸で吸収されます。小腸は大腸に比べて動きが早く、約2時間から4時間で消化は終了します。そして、小腸で吸収された後の残り物が大腸に運ばれます。人によって、腸内に持っている細菌の種類は個人差がありますが、数には大きな違いはありません。これらの細菌の集団を「腸内細菌叢（ちょうないさいきんそう）」といいます。腸の中には私たちの体にとって良い働きをする細菌と、悪さをする細菌が一緒に住んでいます。
そして、良い働きをするビフィズス菌などは一般に“善玉菌”といわれ、悪さをするウエルシュ菌などは“悪玉菌”といわれています。一方、悪玉菌（ウエルシュ菌など）は腸内の腐敗、発がん物質や毒素の産生などの有害な作用を持ち、体の抵抗力を弱め、下痢や便秘を引き起こすだけでなく、肝障害や高血圧、さらにはがんや老化の引き金にもなります。また、悪玉菌のほとんどは、病気を引き起こす病原性を持っています。ただ、特定の悪玉菌が非常に増殖したときには悪さをしますが、お互いの細菌がある程度のバランスを保って共存しているときには悪さをしないようになっています。