逆さまつ毛のように常に目に異物が触れていると、異物を排除しようとして涙の分泌が増えるために目やにも多く出るようになります。また、涙の分泌量の減少によっても目やにが出ます。通常、老廃物などはまばたきによって涙とともに洗い流されますが、睡眠中はまばたきが減り、それにともなって涙の分泌も少なくなります。目やにはまぶたからの老廃物などが固まったものです。目やにが通常に比べて多いときや、粘り気が強いとき、色が濃いときには疾患を疑う必要があります。
目の結膜が、花粉やハウスダストなどのアレルギー物質の刺激を受けて炎症を起こすと、涙が増えるために目やにが出ます。花粉など決まった季節にあらわれるものと、ダニなどのハウスダストによって1年中症状が続くものとがあります。アデノウイルスなどに感染して起きるウイルス性結膜炎は、まぶたが腫れて充血し、目やにや涙がたくさん出たりする他、耳の前にあるリンパ節にしこりができることもあります。
また、同じアデノウイルスが原因となる咽頭結膜熱（プール熱）は、目のかゆみとのどの痛みや発熱、だるさ、吐き気、下痢などの全身の症状をともないます。結膜炎は一般的に、充血、目やに、かゆみ、涙目、ゴロゴロする異物感などの症状があらわれます。黄色ブドウ球菌などに感染して起きる細菌性結膜炎は、黄色い膿のような目やにが特徴です。アレルギー性結膜炎の重症型が春季カタルです。強いかゆみやまぶしさに加え、粘りが強い目やにが出て、とくに春から夏にかけて症状が悪化する傾向があります。さらに悪化すると、まぶたの裏に白いブツブツができます。アトピー性皮膚炎を持つ子どもに起こりやすく、男児は女児と比べて2倍くらい多くみられます。ただし、花粉を外から室内に持ち込まないためにも、花粉の時期に窓を開けたり洗濯物を外に干すことは避けましょう。ダニの繁殖を防ぐために、カーペットは敷くのを止めるか、こまめに掃除機をかけたり時々丸洗いすることをおすすめします。目やにを触った手から他の人に感染が広がることがありますので、目やには手で触れないように、綿棒やティッシュ、ガーゼでそっと取るようにしましょう。乾いてこびりついてしまった目やにを無理に取ろうとすると、目の周りの皮膚を傷つけることになりかねませんので、その場合は水やお湯で少し湿らせてから取りましょう。